Autocoleta de swab nasofaríngeo e teste molecular em pool testing como estratégias para detecção de coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (SARS-CoV-2): viabilidade em estudantes de medicina da Universidade Federal de Minas Gerais, 2021 / Autocolección de hiopados nasofaríngeos y pruebas moleculares en pool testing como estrategias para la detección del Coronavirus Síndrome Respiratorio Agudo Severo 2 (SARS-CoV-2): viabilidad en estudiantes de medicina de la Universidad Federal de Minas Gerais, Brasil, 2021 / Self-collected nasopharyngeal swab and molecular test using pool testing as strategies to detect severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2): feasibility in medical students at the Universidade Federal de Minas Gerais, Brazil, 2021

Objetivo: Demonstrar a viabilidade da utilização combinada da autocoleta de swab nasofaríngeo e pool testing para detecção do SARS-CoV-2 em inquéritos epidemiológicos. Métodos: A experiência envolveu amostra de 154 estudantes da Universidade Federal de Minas Gerais, que realizaram a autocoleta do swab nasofaríngeo em cabines individuais e sem supervisão. O teste molecular foi realizado utilizando-se a técnica de pool testing. Resultados: A obtenção de amostras durou cerca de 5 minutos por pessoa. Realizou-se análise para detecção de RNA endógeno em 40 amostras e os resultados indicaram que não houve falhas decorrentes da autocoleta. Nenhum dos pools detectou presença de RNA viral. O custo da realização do teste molecular (RT-PCR) por pool testing com amostras obtidas por autocoleta foi cerca de dez vezes menor do que nos métodos habituais. Conclusão: As estratégias investigadas mostraram-se economicamente viáveis e válidas para a pesquisa de SARS-CoV-2 em inquéritos epidemiológicos.

Objetivo: Demostrar la viabilidad del uso combinado de la auto recolección de swabs nasofaríngeos y tests por agrupamiento (pool testing) para la detección del SARS-CoV-2 en encuestas epidemiológicas. Métodos: La prueba involucró a una muestra de 154 estudiantes de la Universidade Federal de Minas Gerais, quienes realizaron e autorecolectado del hisopo nasofaríngeo en cabinas individuales sin supervisión. La prueba molecular se realizó utilizando la técnica de prueba de grupo. Resultados: La obtención de muestras duró unos 5 minutos por persona. Se realizó un análisis para detectar ARN endógeno en 40 muestras y los resultados indicaron que no hubo fallas derivadas de la autorecolección. Ninguno de los grupos detectó la presencia de ARN viral. El costo de realizar una prueba molecular (RT-PCR) por pool con muestras obtenidas por auto-recolección fue aproximadamente 10 veces menor que con los métodos habituales. Conclusión: Las estrategias investigadas demostraron ser económicamente viables y válidas para la investigación del SARS-CoV-2 en encuestas epidemiológicas.

Objective: To show the feasibility of the combined use of self-collected nasopharyngeal swab and pool testing to detect SARS-CoV-2 in epidemiological surveys. Methods: This experience included a sample of 154 students at the Universidade Federal de Minas Gerais, who performed self-collected nasopharyngeal swab in individual cabins and without supervision. The molecular test was performed using the pool testing technique. Results: It took each person 5 minutes to collect the sample. An analysis was performed to detect endogenous RNA in 40 samples. The results showed that there were no failures resulting from self-collection. None of the pools detected the presence of viral RNA. The cost of molecular testing (RT-PCR), by pool testing, with samples obtained by self-collection was about ten times lower than the usual methods. Conclusion: The strategies that were investigated proved to be economically feasible and valid for the research on SARS-CoV-2 in epidemiological surveys.

Validación y evaluación de una prueba de RT-PCR en tiempo real in house para la detección de SARS-CoV-2 usando un gen específico RdRp y control endógeno GAPDH / Validation and evaluation of RT-PCR real time in house test to detection of SARS-CoV-2 using specific RdRp gene and GAPDH endogen control

RESUMEN Se validó y evaluó un método de RT-PCR en tiempo real usando cebadores y sondas específicas para los genes RdRP de SARS-CoV-2 y GAPDH de humanos; este último fue usado como control endógeno. Se evaluó la especificidad y sensibilidad; además, se evaluó otros parámetros como la robustez, la repetibilidad, reproducibilidad, comparabilidad y el límite de detección. La sensibilidad, especificidad, los valores predictivos positivo y negativo, la robustez, comparabilidad y la repetibilidad-reproducibilidad de la prueba de RT-PCR en tiempo real dúplex fue de 100%, con un límite de detección de 100 copias/µL, de acuerdo con los criterios de aceptación establecidos para validación del protocolo. Esta prueba estandarizada es una buena alternativa para el diagnóstico de COVID-19; además, la prueba fue aplicada de manera exitosa en personas sospechosas de la enfermedad permitiendo controlar el número de falsos negativos.

ABSTRACT The present work validated and evaluated a duplex real-time RT-PCR using specific primers and probes for genes RdRp from SARS-CoV-2 and GAPDH from humans; the latter was used as an endogenous control in all reactions. We evaluated the specificity, the sensitivity, the robustness, the reproducibility, the repeatability, the comparability, and the limit of detection. The predictive positive and negative values (PPV and PNV, respectively) and all the parameters evaluated using our duplex real-time RT-PCR was 100%. The detection limit was 100 copies/µL according to the acceptance criteria established for the validation of this protocol. Our duplex real-time RT-PCR demonstrated to be a good alternative for the diagnosis of COVID-19; in addition, this PCR was used adequately in suspicion of COVID-19, allowing it to control the number of false-negatives.

Descripción de la aplicación de screening universal para SARS-CoV-2 en mujeres embarazadas que ingresan para interrupción en Hospital de Carabineros - Santiago de Chile / Description of the application of a universal screening for SARS-CoV-2 in pregnant women admitted for interruption of pregnancy at Carabineros Hospital- Santiago de Chile

INTRODUCCIÓN Y OBJETIVOS: El Síndrome Respiratorio Agudo Grave Coronavirus 2 (SARSCoV-2) es una enfermedad altamente contagiosa y que puede ser transmitida por pacientes asintomáticos. Por esto surge el interés de poder determinar la prevalencia de la infección por SARS-Cov-2 en pacientes embarazadas que ingresan para interrupción de la gestación. MÉTODOS: Se realizó un análisis descriptivo, retrospectivo en el Servicio de Obstetricia y Ginecología de Hospital de Carabineros de Chile entre el 15 de mayo y el 30 junio del 2020. Se incluyeron todas las mujeres embarazadas que ingresaron para interrupción de la gestación, a las que se les realizó el examen PCR SARS-CoV-2; y una encuesta de signos y síntomas sugerentes de la enfermedad. RESULTADOS: Se realizaron 73 interrupciones de la gestación, con toma de PCR a 72 mujeres; de estas pacientes 65 (90.3%) fueron negativas, 5 (6.9%) positivas y 2 (2.8%) indeterminadas; los resultados indeterminados fueron considerados como positivos, por lo que la prevalencia de positividad fue de 9,5%. De estas pacientes, sólo 1 de ellas tenía síntomas sugerentes de la enfermedad, todas las demás (6) eran pacientes asintomáticas, y se mantuvieron así durante toda la hospitalización. CONCLUSIÓN: La realización del examen PCR para SARS-CoV-2 a todas las embarazadas que ingresan a un servicio de Ginecología y Obstetricia ayuda a identificar a las pacientes asintomáticas contagiadas con el virus. Ya que la consulta por presencia de signos y síntomas no permite identificar los casos positivos, es necesario considerar la realización de este examen en los protocolos de ingreso hospitalario a lo largo de nuestro país.

INTRODUCTION AND OBJECTIVES: Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus (SARSCoV-2) is a highly contagious disease that can be transmitted by asymptomatic patients. Therefore, is of interest to determine the prevalence of SARS-Cov-2 infection in pregnant patients entering for interruption. METHODS: A descriptive, retrospective analysis was performed in the Obstetrics and Gynecology Service of the Hospital de Carabineros de Chile between May 15 and June 30, 2020. Pregnant women who entered for interruption of their pregnancy and who were given the SARS-CoV-2 PCR exam were included. A survey of signs and symptoms suggestive of the disease was applied. RESULTS: There were 73 pregnancy interruptions, 72 of them were tested by SARS-CoV-2 PCR exam. Among these patients, 65 (90.3%) resulted negative, 5 (6.9%), were positive and 2 (2.8%) were indeterminate; indeterminate results were considered positive, so the prevalence of positivity was 9.5%. Of these patients only 1 had symptoms suggestive of the disease, all the others (6) were asymptomatic, and remained so throughout the hospitalization. CONCLUSION: Conducting the PCR test for SARS-CoV-2 for all pregnant women entering a Gynecology and Obstetrics service helps to identify asymptomatic patients infected with the virus. As a survey of signs and symptoms cannot identify positive patiens, it is necessary to consider conducting universal screeing in hospital admission protocols throughout our country.

Clínica y diagnóstico SARS-COV-2 / Clinic and diagnosis SARS-COV-2

SARS-CoV-2 virus infection behaves differently in children versus adults, a significant percentage of children are asymptomatic or present mild symptoms. That situation makes diagnostic tests more important in this group. To date, pediatric patients behave less severely compared to adult patients. Among the diagnostic methods, the most important is the detection of RNA through PCR, which is the gold standard. Other tests can be used in a complementary way, especially in cases of uncertain diagnostic or in seriously ill patients.

La infección por virus SARS-CoV-2 se comporta de manera distinta en niños versus adultos, un porcentaje importante de los niños son asintomáticos o presentan síntomas leves, por lo que las pruebas diagnósticas cobran mayor importancia en este grupo. Hasta la fecha los pacientes pediátricos se comportan con menor severidad en comparación con pacientes adultos. Dentro de los métodos diagnósticos el más importante es la detección de RNA a través de PCR que constituye el estándar. Otros exámenes pueden ser utilizados en forma complementaria, especialmente en casos de duda diagnostica o en pacientes graves.